Google llama página canónica a  la versión preferida de un conjunto de páginas de contenido muy similar. En el video de arriba puedes ver un vídeo que está en la página de Google sobre este tema.

Resumidamente, creo que la mejor forma de entenderlo es a través de un ejemplo.  Si en una web tienes varias páginas similares sobre un tema, o distintas formas de acceder a una url, Google al indexar las páginas de tu dominio elegirá una como la más importante y la pondrá en sus resultados. Pero esa puede que no sea la más importante para tí, la que tú querrías que apareciera en Google para ese tema de tu dominio.

¿Qué hacer entonces? Tienes que anticiparte a que Google lo haga por tí, y elegir tú la página más útil que quieres de tu dominio que hable sobre ese tema.